サン・マルコ国立美術館(サン・マルコ美術館、イタリア語:Museo di San Marco)は、イタリア中部のトスカーナ州フィレンツェのサン・マルコ広場に位置する、聖マルコに捧げられた中世ドミニコ会修道院「サン・マルコ修道院」の主要な建物内に設けられた美術館です。
15世紀の建築家ミケロッツォの傑作であるこの建物は、フィレンツェの歴史において極めて重要な意味を持つ建造物です。館内には、ドミニコ会修道士としてこの地で数年間を過ごしたフラ・アンジェリコの作品が世界で最も多く収蔵されており、その中には板絵やフレスコ画が含まれています。また、フラ・バルトロメオ、ドメニコ・ギルランダイオ、アレッソ・バルドヴィネッティ、ヤコポ・ヴィニャーリ、ベルナルディーノ・ポッチェッティ、ジョヴァンニ・アントニオ・ソリアーニといった芸術家たちの作品も展示されています。
サン・マルコ修道院は、15世紀後半、フィレンツェで短期間ながら精神的な指導者として権勢を振るったジロラモ・サヴォナローラが説教を行った場所としても知られています。さらに、ミケロッツォが設計した図書室には、有名な写本コレクションも収蔵されています。
ヨーロッパ各地の同種の施設と同様、このドミニコ会修道院も、フランス革命やナポレオン帝国の拡大に伴う激動の時代に、世俗の権力によって接収されました。サン・マルコ修道院も 1808年に同様の運命をたどりましましたが、ナポレオンの失脚後にドミニコ会の手に戻りました。しかし、1866年7月7日付のイタリア王国の布告によりその大部分が再び没収され、国有財産となりました。その結果、ドミニコ会に残されたのは、教会、聖ドミニコ回廊に面した部屋、そして後に「古都フィレンツェ博物館(Museo di Firenze antica)」となるエリアです。この博物館エリアは、カトリックの学者アリゴ・レヴァスティ(1886–1973)の遺贈により1979年に設立されたもので、霊性(スピリチュアリティ)に関する1万冊以上の蔵書を擁し、彼の名が冠されています。
1869年、国定史跡に指定されたこの修道院複合施設は、修復や新たな状況に対応するための改修を経て、その大部分が博物館として再公開されました。この時期に、フラ・アンジェリコによるフレスコ画が画家ガエターノ・ビアンキの手によって修復されています。1906年には、前世紀の都市計画に伴う取り壊しを免れた建築的に価値のある遺構を収蔵する施設として、同博物館が選ばれました。これにより、「古都フィレンツェ博物館」が独立した形で整備されることとなりました。1922年には、ウフィツィ美術館やアカデミア美術館からフラ・アンジェリコの多数の作品が移管され、同博物館のコレクションに加わりました。この配置は現在に至るまで変更されていません。