| 人口順位 | 都市名（日本語 / 英語） | 人口 | 島 | 州 |
| 1 | ジャカルタ / Jakarta | 10,562,088人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 2 | 東ジャカルタ市 / East Jakarta | 3,037,139人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 3 | スラバヤ / Surabaya | 2,874,314人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 4 | ブカシ / Bekasi | 2,543,676人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 5 | バンドン / Bandung | 2,444,160人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 6 | メダン / Medan | 2,435,252人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 7 | 西ジャカルタ市 / West Jakarta | 2,434,511人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 8 | 南ジャカルタ市 / South Jakarta | 2,226,812人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 9 | デポック / Depok | 2,056,335人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 10 | タンゲラン / Tangerang | 1,895,486人 | ジャワ島 | バンテン州 |
| 11 | 北ジャカルタ市 / North Jakarta | 1,778,981人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 12 | パレンバン / Palembang | 1,668,848人 | スマトラ島 | 南スマトラ州 |
| 13 | スマラン / Semarang | 1,653,524人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 14 | マカッサル / Makassar | 1,423,877人 | スラウェシ島 | 南スラウェシ州 |
| 15 | サウス・タンゲラン / South Tangerang | 1,354,350人 | ジャワ島 | バンテン州 |
| 16 | バタム島 / Batam | 1,196,396人 | スマトラ島バタム島 | リアウ諸島州 |
| 17 | バンダールランプン / Bandar Lampung | 1,166,066人 | スマトラ島 | ランプン州 |
| 18 | 中央ジャカルタ市 / Central Jakarta | 1,056,896人 | ジャワ島 | ジャカルタ首都特別州 |
| 19 | ボゴール / Bogor | 1,043,070人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 20 | プカンバル / Pekanbaru | 983,356人 | スマトラ島 | リアウ州 |
| 21 | パダン / Padang | 909,040人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 22 | マラン / Malang | 843,810人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 23 | サマリンダ / Samarinda | 827,994人 | カリマンタン島 | 東カリマンタン州 |
| 24 | デンパサール / Denpasar | 725,314人 | バリ島 | バリ州 |
| 25 | タシクマラヤ / Tasikmalaya | 716,155人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 26 | セラン / Serang | 692,101人 | ジャワ島 | バンテン州 |
| 27 | バリクパパン / Balikpapan | 688,318人 | カリマンタン島 | 東カリマンタン州 |
| 28 | ポンティアナック / Pontianak | 658,685人 | カリマンタン島 | 西カリマンタン州 |
| 29 | バンジャルマシン / Banjarmasin | 657,663人 | カリマンタン島 | 南カリマンタン州 |
| 30 | ジャンビ / Jambi | 606,200人 | スマトラ島 | ジャンビ州 |
| 31 | チマヒ / Cimahi | 568,400人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 32 | スラカルタ / Surakarta | 522,364人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 33 | マナド / Manado | 451,916人 | スラウェシ島 | 北スラウェシ州 |
| 34 | クパン / Kupang | 442,758人 | 小スンダ列島ティモール島 | 東ヌサ・トゥンガラ州 |
| 35 | チレゴン / Cilegon | 434,896人 | ジャワ島 | バンテン州 |
| 36 | マタラム / Mataram | 429,651人 | 小スンダ列島ロンボク島 | 西ヌサ・トゥンガラ州 |
| 37 | ジャヤプラ / Jayapura | 398,478人 | ニューギニア島 | パプア州 |
| 38 | ブンクル / Bengkulu | 373,591人 | スマトラ島 | ブンクル州 |
| 39 | ジョグジャカルタ / Yogyakarta | 373,589人 | ジャワ島 | ジョグジャカルタ特別州 |
| 40 | パル / Palu | 373,218人 | スラウェシ島 | 中部スラウェシ州 |
| 41 | アンボン / Ambon | 347,288人 | マルク諸島アンボン島 | マルク州 |
| 42 | スカブミ / Sukabumi | 346,325人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 43 | ケンダリ / Kendari | 345,107人 | スラウェシ島 | 南東スラウェシ州 |
| 44 | チレボン / Cirebon | 333,303人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 45 | ドゥマイ / Dumai | 316,782人 | スマトラ島 | リアウ州 |
| 46 | ペカロンガン / Pekalongan | 307,150人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 47 | パランカラヤ / Palangka Raya | 293,457人 | カリマンタン島 | 中部カリマンタン州 |
| 48 | ビンジャイ / Binjai | 291,842人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 49 | クディリ / Kediri | 286,796人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 50 | コタ・ソロン / Sorong | 284,410人 | ニューギニア島 | 西パプア州 |
| 51 | テガル / Tegal | 273,825人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 52 | プマタン・シアンタール / Pematangsiantar | 268,254人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 53 | バンジャルバル / Banjarbaru | 253,442人 | カリマンタン島 | 南カリマンタン州 |
| 54 | バンダ・アチェ / Banda Aceh | 252,899人 | スマトラ島 | アチェ州 |
| 55 | タラカン / Tarakan | 242,786人 | カリマンタン島タラカン島 | 北カリマンタン州 |
| 56 | プロボリンゴ / Probolinggo | 239,649人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 57 | シンカワン / Singkawang | 235,064人 | カリマンタン島 | 西カリマンタン州 |
| 58 | ルブクリンガウ / Lubuklinggau | 234,166人 | スマトラ島 | 南スマトラ州 |
| 59 | タンジュン・ピナン / Tanjungpinang | 227,663人 | スマトラ島 | リアウ諸島州 |
| 60 | ビツン / Bitung | 225,134人 | スラウェシ島 | 北スラウェシ州 |
| 61 | パダン・シデムプアン / Padang Sidempuan | 225,105人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 62 | パンカルピナン / Pangkalpinang | 218,569人 | スマトラ島 | バンカ・ブリトゥン州 |
| 63 | バトゥ / Batu | 213,046人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 64 | パスルアン / Pasuruan | 208,006人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 65 | テルナテ / Ternate | 205,001人 | マルク諸島テルナテ島 | 北マルク州 |
| 66 | バンジャル / Banjar | 200,973人 | ジャワ島 | 西ジャワ州 |
| 67 | ゴロンタロ / Gorontalo | 198,539人 | スラウェシ島 | ゴロンタロ州 |
| 68 | マディウン / Madiun | 195,175人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 69 | プラブムリー / Prabumulih | 193,196人 | スマトラ島 | 南スマトラ州 |
| 70 | サラティガ / Salatiga | 192,322人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 71 | ロークスマウェ / Lhokseumawe | 188,713人 | スマトラ島 | アチェ州 |
| 72 | ランサ / Langsa | 185,971人 | スマトラ島 | アチェ州 |
| 73 | パロポ / Palopo | 184,681人 | スラウェシ島 | 南スラウェシ州 |
| 74 | ボンタン / Bontang | 178,917人 | カリマンタン島 | 東カリマンタン州 |
| 75 | タンジュン・バライ / Tanjungbalai | 176,027人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 76 | トゥビン・ティンギ / Tebing Tinggi | 172,838人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 77 | メトロ / Metro | 168,676人 | スマトラ島 | ランプン州 |
| 78 | バウバウ / Bau-Bau | 159,248人 | スラウェシ島 | 南東スラウェシ州 |
| 79 | ビマ / Bima | 155,140人 | 小スンダ列島スンバワ島 | 西ヌサ・トゥンガラ州 |
| 80 | パレパレ / Parepare | 151,454人 | スラウェシ島 | 南スラウェシ州 |
| 81 | ブリタール / Blitar | 149,149人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 82 | パガー・アラム / Pagar Alam | 143,844人 | スマトラ島 | 南スマトラ州 |
| 83 | パヤクンブ / Payakumbuh | 139,576人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 84 | グヌンシトリ / Gunungsitoli | 136,017人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 85 | モジョケルト / Mojokerto City | 132,434人 | ジャワ島 | 東ジャワ州 |
| 86 | コタモバグ / Kotamobagu | 123,722人 | スラウェシ島 | 北スラウェシ州 |
| 87 | マゲラン / Magelang | 121,526人 | ジャワ島 | 中部ジャワ州 |
| 88 | ブキティンギ / Bukittinggi | 121,028人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 89 | ティドール / Tidore | 114,480人 | マルク諸島 | 北マルク州 |
| 90 | トモホン / Tomohon | 100,587人 | スラウェシ島 | 北スラウェシ州 |
| 91 | スンガイ・ペヌー / Sungai Penuh | 96,610人 | スマトラ島 | ジャンビ州 |
| 92 | パリアマン / Pariaman | 94,224人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 93 | スブルサラム / Subulussalam | 90,751人 | スマトラ島 | アチェ州 |
| 94 | シボルガ / Sibolga | 89,584人 | スマトラ島 | 北スマトラ州 |
| 95 | トゥアル / Tual | 88,280人 | マルク諸島 | マルク州 |
| 96 | ソロク / Solok | 73,438人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 97 | サワルント / Sawahlunto | 65,138人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 98 | パダン・パンジャン / Padang Panjang | 56,311人 | スマトラ島 | 西スマトラ州 |
| 99 | サバン / Sabang | 41,197人 | スマトラ島 | アチェ州 |
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